Chức năng của miR-146b-5p trong Chondrocyte
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
5
Chức năng của miR-146b-5p trong Chondrocyte
Potential function of miR-146b-5p in Chondrocyt
Lê Huyền Ái Thúy1, Lê Thị Trúc Linh1*
1Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam
THÔNG TIN
TÓM TẮT
DOI:10.46223/HCMCOUJS.
tech.vi.16.1.1795.2021
MicroRNA (miR, miRNA) là một phân tử RNA nhỏ có chiều
dài từ 20 đến 25 nucleotide quy định sự biểu hiện của gene bằng
cách liên kết đặc hiệu với trình tự 3’UTR trên mRNA đích. Trước
đây, chúng tôi nhận thấy miR-146b-5p tuần hoàn tăng đáng kể
trong huyết thanh của bệnh nhân Thoái Hoá Khớp (THK) và có
thể có tiềm năng rất lớn để chẩn đoán bệnh sớm. Tuy nhiên, chức
năng của miRNA này trong THK vẫn chưa được biết và cần được
xác định. Vì vậy, nghiên cứu này được thực hiện nhằm xác định
chức năng miR-146b-5p trong tế bào chondrocyte. Công cụ tin
sinh học được thực hiện để dự đoán các con đường tín hiệu tiềm
năng có tương tác với miRNA-146b-5p trong tế bào chondrocyte.
Trong đó dữ liệu giải trình tự thế hệ mới cho mRNA có thể được
biểu hiện trong tế bào khớp có sẵn trước đó được sử dụng. Dữ
liệu cho thấy miR-146b-5p có thể tương tác với một số con đường
tín hiệu quan trọng bao gồm Wnt, Notch, Toll like receptor, P38
MAPK, Anti apoptosis, Adhesion, Cadherin, Intergin. Do đó, sự
biểu hiện bất thường của microRNA 146-5p có thể dẫn đến đến
thoái hoá khớp ít nhất có thể là do rối loạn các đường truyền tín
hiệu này.
Ngày nhận: 07/04/2021
Ngày nhận lại: 20/04/2021
Duyệt đăng: 25/05/2021
Từ khóa:
chức năng; chẩn đoán;
microRNA tuần hoàn; miR-
146b-5p; thoái hoá khớp
ABSTRACT
MicroRNA (miR, miRNA) is a small RNA molecule
between 20 and 25 nucleotides in length that regulates gene
expression by specifically binding to a sequence in 3’UTR on the
target mRNA. We previously found circulating miR-146b-5p
increased significantly in the serum of patients with Osteoarthritis
(OA) and might have huge potential for early disease diagnosis.
However, the function of this miRNA in OA was still unknown
and needs to explore. This research aimed to identify miR-146b-
5p function in chondrocyte. Bioinformatics was performed to
predict the potential signaling pathways miRNA-146b-5p
interacting in chondrocyte in which Next-generation sequencing
data available for mRNA expressed in primary cells. Data showed
that miR-146b-5p could interact with several crucial signaling
pathways, including Wnt, Notch, Toll like receptor, P38 MAPK,
Anti apoptosis, Adhesion, Cadherin, Intergin. Therefore,
Keywords:
circulating microRNA;
diagnostic; miR-146b-5p;
osteoarthritis
6
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
abnormal expression of microRNA 146-5p could lead to
osteoarthritis at least through the disorder of these signaling
pathways.
1. Giới thiệu
MicroRNA là một nhóm RNA có kích thước từ 20 đến 25 nucleotide, có chức năng điều
hòa biểu hiện gene bằng cách gắn đặc hiệu với một trình tự trên mRNA đích (Bartel, 2004). Sự
biểu hiện bất thường của các miRNA trong bệnh THK đã được chứng minh trong nhiều nghiên
cứu (Díaz-Prado et al., 2012; Le et al., 2016; Nakamura, Inloes, Katagiri, & Kobayashi, 2011).
MicroRNA tuần hoàn là các miRNA được phát hiện trong các dịch ngoại bào của cơ thể như
máu ngoại vi (huyết tương, huyết thanh), dịch hoạt khớp, nước tiểu hoặc nước bọt. MicroRNA
tuần hoàn có thể là sản phẩm phụ của tế bào hoặc là phân tử trung gian trong con đường truyền
tín phản ảnh tình trạng bệnh lý của tế bào (Turchinovich, Samatov, Tonevitsky, & Burwinkel,
2013). MicroRNA tuần hoàn là phân tử tiềm năng trong chẩn đoán bệnh và điều trị bệnh do phân
tử này rất bền khi lưu thông trong máu, thời gian bán rã dài (khoảng 05 ngày trong huyết thanh)
(Gantier et al., 2011), không bị phân hủy bởi Rnase, có thể duy trì ổn định ở nhiệt độ phòng và
trong các điều kiện bất lợi của việc giải đông nhiều lần (Chen et al., 2008; Mitchell et al., 2008),
đặc biệt là việc lấy mẫu không gây xâm lấn ở bệnh nhân. MicroRNA tuần hoàn đã được chứng
minh là dấu chứng sinh học quan trọng cho nhiều bệnh như tiểu đường type II (Guay & Regazzi,
2013), Parkinson, cao huyết áp, loãng xương, ung thư (Kumar, Vijayan, Bhatti, & Reddy, 2017).
Rất nhiều nghiên cứu đã tìm thấy sự biểu hiện bất thường của miRNA tuần hoàn ở người
bệnh THK so với người bình thường. Các miRNA biểu hiện quá mức trong huyết tương của
bệnh nhân THK bao gồm miR-16, miR-20b, miR-19c, miR-30b, miR-93, miR-126, miR-184,
miR-186, miR-195, miR-345 và miR-885-5p (Cuadra, González-Huerta, Romero-Cordoba,
Hidalgo-Miranda, & Miranda-Duarte, 2014), miR-146a, miRNA-19b-3p, miR-122-5p và miR-
486-5p. MicroRNA giảm biểu hiện ở huyết thanh bệnh nhân THK là miR-132, miR-33b-3p,
miR-140-3p và miR-671-3p (Ntoumou et al., 2017), miRNA-19b-3p, miR-122-5p và miR-486-
5p tăng trong huyết thanh mẫu THK (Kong, Gao, Si, & Zhao, 2017). Các nghiên cứu sau này
tiếp tục tìm ra các miRNA khác có biểu hiện bất thường giữa người bệnh THK và người bình
thường (Ali et al., 2020; Feng et al., 2020; Rousseau et al., 2020; Xie et al., 2019).
Tại Việt Nam, chúng tôi đã xác định miR-146b-5p tăng trong THK và là phân tử tiềm
năng hỗ trợ trong chẩn đoán THK trong tương lai. Tuy nhiên, trước khi tiến hành xây dựng quy
trình chẩn đoán sử dụng trong lâm sàn, việc xác định chức năng của miR-146b-5p trong tế bào
khớp cung cấp thông tin làm nền tảng để khẳng định tiềm năng của miR-146b-5p như công cụ
chẩn đoán bệnh.
Chức năng của miRNA được thực hiện thông qua sự tương tác giữa vị trí seed site trên
miRNA và trình tự mục tiêu của nó trên vùng 3’UTR của mRNA. Có nhiều công cụ tin sinh học
có thể dự đoán được các mRNA thông qua xác định sự tương tác này. Tuy nhiên, số liệu thu
được từ sự tương tác này thường rất nhiều với nhiều trường hợp không chính xác khi kiểm chứng
lại bằng thực nghiệm. Một trong những nguyên nhân là do một số mRNA chỉ được biểu hiện
trong một loại tế bào cụ thể. Do vậy, trong nghiên cứu này chúng tôi thực hiện xác định chức
năng của miRNA 146b-5p giới hạn trong tế bào khớp. Kết quả phân tích cho thấy miRNA-146b-
5p có thể tương tác với một số con đường truyền tín hiệu quan trọng. Từ đó, có thể thấy sự biến
đổi bất thường của miR-146b-5p có thể là nguyên nhân dẫn tới những thay đổi bất thường trong
tế bào khớp và từ đó dẫn tới bệnh.
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
7
2. Vật liệu và phương pháp
2.1. Các công cụ tin sinh học sử dụng để xác định vị trí di truyền của miR-146b-5p
Vị trí của miRNA-146b-5p được xác định bằng cơ sở dữ liệu Gene của NCBI (n.d.),
miRBase (n.d.).
2.2. Dự đoán các đích trực tiếp của miRNA-146b-5p
Trình tự 3’UTR của các mRNA trong bộ gene được tải về từ cơ sở dữ liệu Ensembl
Genome browser (n.d.). Các mRNA có vị trí gắn của mRNA 146b-5p được xác định bằng R-
Studio.
2.3. Dự đoán chức năng của miRNA-146b-5p
Dự đoán chức năng của miRNA-146b-5p bằng David Bioinformatics Resources (n.d.) và
Panther (n.d.).
3. Kết quả nghiên cứu và thỏa luận
3.1. Kết quả
3.1.1. Vị trí di truyền của miR-146b-5p
Thực hiện xác định vị trí của miR-146 trên bộ gene người bằng cơ sở dữ liệu Gene của
NCBI. Vị trí của miR-146b trên bộ gene người thể hiện trong Hình 1.
Hình 1. Vị trí của miR- 146b-5p trên bộ gene người
MicroRNA 146 nằm trên NST số 10, mã số NR_030169.1 tại vị trí 102,436,512 đến
102,436,584 có kích thước 73 nucleotide (Hình 1). MiR-146b không nằm trong vùng mã hoá của
bất kỳ một gene này. Đây là một intergenic miRNA. Trình tự miR-146b-5p nằm từ vị trí
102,436,520 đến 102,436,542 có kích thước 23 nucleotide. Tương tự, miR-146b-3p nằm từ vị trí
102,436,557 đến 102,436,578 có kích thước 22 nucleotide.
8
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
Thực hiện xác định cấu trúc của tiền miRNA-146b và miR-146b-5p và 3p bằng cơ sở dữ
liệu miRbase (miRbase.org). Kết quả được thể hiện trong Hình 2.
Hình 2. Cấu trúc và trình tự của MicroRNA 146b. (A) Cấu trúc kẹp tóc của tiền MicroRNA
146b với trình tự miRNA trưởng thành của miR-146b-5p (màu xanh) và miR-146b-3p (màu đỏ).
(B) Họ miR-146 gồm có miR-146b và -146a. Những nucleotide khác nhau được tô màu đen
Tiền miRNA 146b có cấu trúc kẹp tóc dài 73 nucleotide với trình tự miRNA 146b-5p và
3p trưởng thành nằm trên vùng thân của kẹp tóc của tiền miRNA-146b. MiRNA 146b thuộc họ
với miR-146a. Về trình tự, miRNA-146a-5p và miRNA-146b-5p gần như tương đồng với nhau,
chỉ khác 02 nucleotides. Ngược lại, miR-146a-3p và miR-146b-3p có trình tự khá khác nhau và
chỉ tương đồng 08 nucleotides. Tuy nhiên, do những nucleotide khác nhau của họ miR-146 phần
lớn thuộc vùng gắn của miRNA lên vùng 3’ UTR (3’ untranslation region) của mRNA, những
thành viên của họ miR-146 không có chức năng tương đồng.
3.1.2. Vị trí seed site của miR-146b-5p
MicroRNA thực hiện chức năng của chúng thông qua gắn trực tiếp lên trên vùng 3’UTR
của mRNA bằng trình tự seed site của chính nó. Có 04 loại seed sites bao gồm 8mer, 7mer-A1,
7mer-m8 và 6mer. Hiệu quả ức chế của miRNA lên phân tử mRNA có hiệu quả theo thứ tự giảm
dần của 8mer > 7mer-A1, 7mer-m8 > 6mer. Chúng ta thực hiện xác định các seed site của miR-
146b-5p. Kết quả thể hiện như Hình 3.
mRN
A
AGTTCTCA
miRNA-146b-5p
mRN
A
GTTCTCA
miRNA-146b-5p
mRN
A
AGTTCTC
miRNA-146b-5p
Hình 3. Sự bắt cặp của miRNA-146b-5p với mRNA thông qua các seed sites.
MiRNA146b-5p gắn vào mRNA từ vị trí nucleotide 01-08 của miRNA. Các vị trí bắt cặp được
thể hiện bằng các vạch thẳng
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
9
Các vị trí seed sites của miR-146b-5p gồm có 8mer (AGTTCTCA), 7mer-A1
(GTTCTCA), 7mer -A8 (AGTTCTC), 6mer (GTTCTC).
3.1.3. Dự đoán chức năng của miR-146b-5p trong tế bào khớp
MicroRNA thuỷ phân mRNA. Do vậy, chức năng của miRNA phụ thuộc vào mức độ
biểu hiện của mRNA trong một loại tế bào cụ thể. Chúng tôi đã có cơ sở dữ liệu về mức độ biểu
hiện của các gene trong tế bào khớp (chondrocyte) thông qua giải trình tự thế hệ mới (next
generation sequencing). Tiếp theo, tiến hành dự đoán chức năng của miR-146b-5p trong tế bào
khớp thông qua kết hợp giữa phân tích xác định các vị trí seed site của miR-146b-5p trên mRNA
với kết quả giải trình tự thế hệ mới các gene được biểu hiện trong tế bào khớp.
Kết quả phân tích (Phụ lục, Bảng 1) cho thấy có 328 gene là đích tiềm năng của miR-
146b-5p trong tế bào khớp. Những gene này có mức biểu hiện tốt (từ trung bình đến cao) và có
vị trí gắn của miR-146b-5p trong vùng 3’UTR.
Tiếp tục thực hiện phân tích chức năng của 328 gene tiềm năng ở trên bằng phần mềm
David Bioinformatics Resources, một số chức năng quan trọng của miR-146b-5p trong các con
đường truyền tín hiệu quan trọng trong tế bào khớp được tổng hợp trong Bảng 1.
Bảng 1
Chức năng của các đích tiềm năng của miR-146b-5p
STT
Genes
Tên gene
Wnt signalling pathway
1
2
FZD1
Frizzled-1
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit
gamma isoform
PPP2R5C
3
4
5
6
7
8
FZD3
Frizzled-3
BMPR1A
FZD9
Bone morphogenetic protein receptor type-1A
Frizzled-9
PRKCE
HDAC8
SIAH2
Protein kinase C epsilon type
Histone deacetylase 8
E3 ubiquitin-protein ligase SIAH2
Notch signalling pathway
1
2
3
LFNG
JAG1
Beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase lunatic fringe
Protein jagged-1
NUMB
Protein numb homolog
Toll receptor signalling pathway
1
2
TRAF6
IRAK1
TNF receptor-associated factor 6
Interleukin-1 receptor-associated kinase 1
P38 MAPK signaling pathway
10
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
STT
Genes
RAC1
TRAF6
Tên gene
Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
TNF receptor-associated factor 6
1
2
Adhesion signalling
1
2
3
3
LPP
Lipoma-preferred partner
CCN family member 4
Talin-2
CCN4
TLN
NPTN
Neuroplastin
Apoptosis pathway
1
2
CASP7
PRKCE
Caspase-7
Protein kinase C epsilon type
Cadherin signalling pathway
1
2
3
4
5
FZD1
PTPN1
FZD3
FZD9
YES1
Frizzled-1
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
Frizzled-3
Frizzled-9
Tyrosine-protein kinase Yes
Intergin signalling
1
2
3
CRK
Adapter molecule crk
FLNA
RAC1
Filamin-A
Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
Anti apoptosis pathway
1
2
PRAMEF1
STIL
Family member 1(PRAMEF1)
SCL/TAL1 interrupting locus
3
SIN3A
SIX4
SIN3 transcription regulator family member A
SIX homeobox 4
4
5
TAF9B
TRAF6
ANKLE2
FLNA
TATA-box binding protein associated factor 9b
TNF receptor associated factor 6
6
7
Ankyrin repeat and LEM domain containing 2
Filamin A
8
9
HIPK3
IFIT3
Homeodomain interacting protein kinase 3
Interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 3
Interleukin 1 receptor associated kinase 1
10
11
IRAK1
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
11
STT
12
Genes
ITCH
Tên gene
Itchy E3 ubiquitin protein ligase
13
MED1
Mediator complex subunit 1
14
PRKAA2
RARB
Protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2
Retinoic acid receptor beta
15
16
SIAH2
USP47
Siah E3 ubiquitin protein ligase 2
Ubiquitin specific peptidase 47
17
Nguồn: Kết quả xử lý dữ liệu của nhóm tác giả
MicroRNA 146b-5p có thể tác động lên một số con đường truyền tín hiệu quan trọng
trong tế bào khớp như Wnt signalling pathway (08 gene), Notch signalling pathway (03 gene),
Toll like receptor sigalling pathway (02 gene), P38 MAPK signaling pathway (02 gene),
Adhesion signalling (03 gene), Apoptosis pathway (02 gene), Cadherin signalling pathway (05
gene), Intergin signalling (03 gene), Anti apoptosis pathway (17 gene).
3.2. Thảo luận
MicroRNAs lưu thông trong máu là một phân tử quan trọng, có thể sử dụng làm chỉ thị
phân tử giúp phát hiện nhiều bệnh ở người do đã được chứng minh có sự liên quan mật thiết đến
tình trạng bệnh lý của bệnh nhân. Chúng tôi tìm thấy miR-146b-5p tăng trong huyết thanh của
bệnh nhân THK ở Việt Nam.
MicroRNA146b đã được chứng minh tăng biểu hiện trong tế bào chondrocyte trong bệnh
THK (Budd, De Andrés, Sanchez-Elsner, & Oreffo, 2017). Tuy nhiên, tiềm năng sử dụng
miRNA này như một công cụ hỗ trợ chẩn đoán vẫn chưa được xác định. Việc xác định chức
năng của miR-146b-5p trong THK Việt Nam là một tiền đề để xây dựng phương pháp phát hiện
sớm khi bệnh còn ở giai đoạn đầu, chưa có các biểu hiện lâm sàng. Tuy nhiên, hiện chức năng
của miR-146b-5p trong tế bào khớp vẫn chưa được xác định. Trong nghiên cứu này, kết hợp
giữa phương pháp dự đoán bằng công cụ tin sinh học và kết quả giải trình tự thế hệ mới về các
mRNA biểu hiện trong tế bào khớp cho thấy, miRNA-146b-5p có thể tác động trực tiếp lên các
con đường truyền tín hiệu quan trong của tế bào khớp như Wnt, Notch, Toll like receptor, P38
MAPK signaling pathway, Adhesion, Apoptosis, Cadherin, Intergin, Anti apoptosis signalling
pathway. Sự bất hoạt của các con đường truyền tín hiệu này sẽ dấn đến các rối loại cho tế bào
khớp và cuối cùng có thể dẫn đến THK.
Việc kết hợp giữa sử dụng kết quả giải trình tự và phân tích tin sinh học giúp dự đoán
chức năng của miR-146b-5p chính xác cho tế bào khớp. Loại trừ được trường hợp các đích tiềm
năng không có sự biểu hiện.
Ngoài chức năng miRNA-146b-5p trong tế bào khớp, chức năng của miR-146b-5p nói
riêng và của miRNA tuần hoàn nói chung cần được xác định trong bức tranh tổng thể khi được
vận chuyển trong các bóng màng để di chuyển trong máu và tới truyền thông tin cho các tế bào
nhận. Việc xác định chức năng tổng thể này có thể được dự đoán thông qua sử dụng các công cụ
tin sinh học xác định tất cả các mRNA trong tế bào có thể là đích tiềm năng của miRNA.
4. Kết luận và gợi ý
MicroRNA-146b-5p có thể tác động trực tiếp lên các con đường truyền tín hiệu quan
trong của tế bào khớp như Wnt, Notch, Toll like, P38 MAPK signaling pathway, Adhesion,
12
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
Apoptosis, Cadherin, Intergin, Anti apoptosis signalling pathway. Các kết quả đc tiên đoán bằng
in silico này cần đc khẳng định bằng thực nghiệm trong thời gian tới.
LỜI CẢM ƠN
Nghiên cứu này được tài trợ bởi Bộ Giáo dục và Đào tạo của Việt Nam và Đại học Mở
TP.HCM đối ứng cho đề tài của Bộ Giáo Dục và Đào tạo. Mã số: B2019-MBS-11.
Tài liệu tham khảo
Ali, S. A., Gandhi, R., Potla, P., Keshavarzi, S., Espin-Garcia, O., Shestopaloff, K., . . .
Perruccio, A. (2020). Sequencing identifies a distinct signature of circulating microRNAs
in early radiographic knee osteoarthritis. Osteoarthritis and Cartilage, 28(11), 1471-1481.
Bartel, D. P. (2004). MicroRNAs: Genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell, 116(2),
281-297.
Budd, E., De Andrés, M. C., Sanchez-Elsner, T., & Oreffo, R. O. (2017). MiR-146b is down-
regulated during the chondrogenic differentiation of human bone marrow derived skeletal
stem cells and up-regulated in osteoarthritis. Scientific Reports, 7(1), 1-11.
Chen, X., Ba, Y., Ma, L., Cai, X., Yin, Y., Wang, K., . . . Zhang, C. Y. (2008). Characterization
of microRNAs in serum: A novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other
diseases. Cell Research, 18(10), 997-1006. doi:10.1038/cr.2008.282
Cuadra, V. M. B., González-Huerta, N. C., Romero-Cordoba, S., Hidalgo-Miranda, A., &
Miranda-Duarte, A. (2014). Altered expression of circulating microRNA in plasma of
patients with primary osteoarthritis and in silico analysis of their pathways. PloS One, 9(6),
Article e97690.
David Bioinformatics Resources. (n.d.). Bioinformatics databse. Retrieved March 15, 2021, from
Díaz-Prado, S., Cicione, C., Muiños-López, E., Hermida-Gómez, T., Oreiro, N., Fernández-
López, C., & Blanco, F. J. (2012). Characterization of microRNA expression profiles in
normal and osteoarthritic human chondrocytes. BMC Musculoskeletal Disorders, 13(1), 1-
14.
Ensembl
Genome
browser.
(n.d.).
Retrieved
March
10,
2021,
from
Feng, L., Feng, C., Wang, C. X., Xu, D. Y., Chen, J. J., Huang, J. F., . . . Shen, J. M. (2020).
Circulating microRNA let 7e is decreased in knee osteoarthritis, accompanied by elevated
apoptosis and reduced autophagy. International Journal of Molecular Medicine, 45(5),
1464-1476.
Gantier, M. P., McCoy, C. E., Rusinova, I., Saulep, D., Wang, D., Xu, D., . . . Williams, B. R.
(2011). Analysis of microRNA turnover in mammalian cells following Dicer1 ablation.
Nucleic Acids Research, 39(13), 5692-5703. doi:10.1093/nar/gkr148
Guay, C., & Regazzi, R. (2013). Circulating microRNAs as novel biomarkers for diabetes
mellitus. Nature Reviews Endocrinology, 9(9), 513-521. doi:10.1038/nrendo.2013.86
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
13
Kong, R., Gao, J., Si, Y., & Zhao, D. (2017). Combination of circulating miR-19b-3p, miR-122-
5p and miR-486-5p expressions correlates with risk and disease severity of knee
osteoarthritis. American Journal of Translational Research, 9(6), 2852-2864.
Kumar, S., Vijayan, M., Bhatti, J. S., & Reddy, P. H. (2017). MicroRNAs as peripheral
biomarkers in aging and age-related diseases. Progress in Molecular Biology and
Translational Science, 146, 47-94. doi:10.1016/bs.pmbts.2016.12.013
Le, L. T., Swingler, T. E., Crowe, N., Vincent, T. L., Barter, M. J., Donell, S. T., . . . Clark, I. M.
(2016). The microRNA-29 family in cartilage homeostasis and osteoarthritis. Journal of
Molecular Medicine, 94(5), 583-596.
Mitchell, P. S., Parkin, R. K., Kroh, E. M., Fritz, B. R., Wyman, S. K., Pogosova-Agadjanyan, E.
L., . . . Tewari, M. (2008). Circulating microRNAs as stable blood-based markers for
cancer detection. Proceeding of the National Academy of Sciences of the United States of
America, 105(30), 10513-10518. doi:10.1073/pnas.0804549105
Nakamura, Y., Inloes, J. B., Katagiri, T., & Kobayashi, T. (2011). Chondrocyte-specific
microRNA-140 regulates endochondral bone development and targets Dnpep to modulate
bone morphogenetic protein signaling. Molecular and Cellular Biology, 31(14), 3019-
3028.
Ntoumou, E., Tzetis, M., Braoudaki, M., Lambrou, G., Poulou, M., Malizos, K., . . . Tsezou, A.
(2017). Serum microRNA array analysis identifies miR-140-3p, miR-33b-3p and miR-
671-3p as potential osteoarthritis biomarkers involved in metabolic processes. Clinical
Epigenetics, 9(1), 1-15.
Panther. (n.d.). Genes, genomes and orthologs. Retrieved March 18, 2021, from
Rousseau, J. C., Millet, M., Croset, M., Sornay-Rendu, E., Borel, O., & Chapurlat, R. (2020).
Association of circulating microRNAs with prevalent and incident knee osteoarthritis in
women: the OFELY study. Arthritis Research & Therapy, 22(1), 1-12.
Turchinovich, A., Samatov, T. R., Tonevitsky, A. G., & Burwinkel, B. (2013). Circulating
miRNAs: Cell-Cell communication function? Frontiers in Genetics, 4(119), 1-10.
doi:10.3389/fgene.2013.00119
Xie, W., Su, W., Xia, H., Wang, Z., Su, C., & Su, B. (2019). Synovial fluid microRNA-210 as a
potential biomarker for early prediction of osteoarthritis. Bio Med Research International,
2019, 1-4. doi:10.1155/2019/7165406
PHỤ LỤC
Bảng 1
Các mRNA là đích tiềm năng của miR-146b-5p trong tế bào khớp
STT
Gene name
TRAF6
Gene names
TNF receptor associated factor 6
interleukin 1 receptor associated kinase 1
1
2
IRAK1
14
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
STT
3
Gene name
SEC23IP
WWC2
Gene names
SEC23 interacting protein
4
WW and C2 domain containing 2
protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 11
BCL6 corepressor like 1
5
PPP1R11
BCORL1
SORT1
6
7
sortilin 1
8
ZNF649
USP32
zinc finger protein 649
9
ubiquitin specific peptidase 32
NUMB, endocytic adaptor protein
phospholipid scramblase 4
10
11
12
13
14
NUMB
PLSCR4
SRSF6
serine and arginine rich splicing factor 6
caspase recruitment domain family member 10
siah E3 ubiquitin protein ligase 2
CARD10
SIAH2
adaptor protein, phosphotyrosine interacting with PH domain and
leucine zipper 1
15
APPL1
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
ZNF652
SLC10A3
MRS2
zinc finger protein 652
solute carrier family 10 member 3
magnesium transporter MRS2
EIF4G2
C9orf72
ZNF354B
BRK1
eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
chromosome 9 open reading frame 72
zinc finger protein 354B
BRICK1, SCAR/WAVE actin nucleating complex subunit
DDB1 and CUL4 associated factor 12
nuclear envelope integral membrane protein 1
protein O-fucosyltransferase 2
DCAF12
NEMP1
POFUT2
FBXW2
ZBTB2
ABL2
F-box and WD repeat domain containing 2
zinc finger and BTB domain containing 2
ABL proto-oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase
heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D
matrix metallopeptidase 16
HNRNPD
MMP16
RHOBTB3
RARB
Rho related BTB domain containing 3
retinoic acid receptor beta
HIPK3
homeodomain interacting protein kinase 3
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
15
STT
34
35
36
37
38
39
40
41
42
Gene name
SRP72
Gene names
signal recognition particle 72
SLC38A1
VASN
solute carrier family 38 member 1
vasorin
FBXO4
F-box protein 4
TMEM19
LRCH1
transmembrane protein 19
leucine rich repeats and calponin homology domain containing 1
zinc finger protein 506
ZNF506
C3orf38
SLC12A6
chromosome 3 open reading frame 38
solute carrier family 12 member 6
tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation
protein beta
43
YWHAB
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
ZNF90
C8orf88
MED20
CCK
zinc finger protein 90
chromosome 8 open reading frame 88
mediator complex subunit 20
cholecystokinin
STRBP
YES1
spermatid perinuclear RNA binding protein
YES proto-oncogene 1, Src family tyrosine kinase
transcription factor 20
TCF20
PTPRA
GATAD1
THAP5
VPS54
protein tyrosine phosphatase, receptor type A
GATA zinc finger domain containing 1
THAP domain containing 5
VPS54, GARP complex subunit
TMEM120B transmembrane protein 120B
AMPH
ZNF257
PPM1K
FLOT2
RPF1
amphiphysin
zinc finger protein 257
protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1K
flotillin 2
ribosome production factor 1 homolog
basic, immunoglobulin-like variable motif containing
SHC binding and spindle associated 1
molybdenum cofactor synthesis 2
zinc finger FYVE-type containing 1
BIVM
SHCBP1
MOCS2
ZFYVE1
16
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
STT
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
Gene name
CASP7
Gene names
caspase 7
ZNF493
ZNF367
LANCL1
FLNA
zinc finger protein 493
zinc finger protein 367
LanC like 1
filamin A
MED1
mediator complex subunit 1
BHLHE41
FZD1
basic helix-loop-helix family member e41
frizzled class receptor 1
TOR1A
ZNF253
torsin family 1 member A
zinc finger protein 253
MPHOSPH6 M-phase phosphoprotein 6
ZNF662
DTNA
zinc finger protein 662
dystrobrevin alpha
HDAC8
PHKB
histone deacetylase 8
phosphorylase kinase regulatory subunit beta
tRNA methyltransferase 6
extended synaptotagmin 2
zinc finger protein 136
TRMT6
ESYT2
ZNF136
CYP27B1
JAG1
cytochrome P450 family 27 subfamily B member 1
jagged 1
CDKN2AIP
CDKN2A interacting protein
TMEM185B transmembrane protein 185B
SIX4
SIX homeobox 4
AVL9
AVL9 cell migration associated
receptor tyrosine kinase like orphan receptor 1
cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 4
TSPY like 1
ROR1
CNIH4
TSPYL1
CCN4
cellular communication network factor 4
INO80 complex subunit D
INO80D
FAM210A
family with sequence similarity 210 member A
NPTN
neuroplastin
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
17
STT
97
Gene name
KLF7
Gene names
Kruppel like factor 7
98
CEP170B
PAQR5
centrosomal protein 170B
99
progestin and adipoQ receptor family member 5
zinc finger protein 436
100 ZNF436
101 SLC38A2
102 CXorf40A
103 GALNT10
104 C6orf203
105 FAF2
solute carrier family 38 member 2
chromosome X open reading frame 40A
polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
chromosome 6 open reading frame 203
Fas associated factor family member 2
MOB kinase activator 1B
106 MOB1B
107 PTPN1
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
108 CACNA2D1 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1
109 LRRC15
110 ITCH
leucine rich repeat containing 15
itchy E3 ubiquitin protein ligase
111 HMBOX1
112 ZDHHC13
113 ZNF229
114 BZW1
115 INTS2
116 PUM1
117 MTR
homeobox containing 1
zinc finger DHHC-type containing 13
zinc finger protein 229
basic leucine zipper and W2 domains 1
integrator complex subunit 2
pumilio RNA binding family member 1
5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase
chromosome 7 open reading frame 57
ELAV like RNA binding protein 1
UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 5
RNA polymerase III subunit A
118 C7orf57
119 ELAVL1
120 B3GNT5
121 POLR3A
122 KCNMA1
123 PRCP
potassium calcium-activated channel subfamily M alpha 1
prolylcarboxypeptidase
124 TRIP12
125 LFNG
thyroid hormone receptor interactor 12
LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
nucleoporin 58
126 NUP58
127 DCAF7
128 ST7L
DDB1 and CUL4 associated factor 7
suppression of tumorigenicity 7 like
18
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
STT
Gene name
Gene names
SET nuclear proto-oncogene
129 SET
130 UMPS
131 GCFC2
132 GJC1
uridine monophosphate synthetase
GC-rich sequence DNA-binding factor 2
gap junction protein gamma 1
solute carrier family 1 member 1
roundabout guidance receptor 1
RAB8B, member RAS oncogene family
immediate early response 5 like
zinc finger protein 365
133 SLC1A1
134 ROBO1
135 RAB8B
136 IER5L
137 ZNF365
138 REEP5
139 CCDC6
140 ZNF737
141 PRKCE
142 FMNL3
143 KDM2B
144 RBL1
receptor accessory protein 5
coiled-coil domain containing 6
zinc finger protein 737
protein kinase C epsilon
formin like 3
lysine demethylase 2B
RB transcriptional corepressor like 1
F-box protein 28
145 FBXO28
146 ARL8A
147 NSD1
ADP ribosylation factor like GTPase 8A
nuclear receptor binding SET domain protein 1
RAB GTPase activating protein 1
zinc finger DHHC-type containing 7
nuclear factor of activated T cells 5
MINDY lysine 48 deubiquitinase 2
immunoglobulin superfamily member 1
PHD finger protein 20 like 1
148 RABGAP1
149 ZDHHC7
150 NFAT5
151 MINDY2
152 IGSF1
153 PHF20L1
154 TET2
tet methylcytosine dioxygenase 2
DDB1 and CUL4 associated factor 17
zinc finger protein 605
155 DCAF17
156 ZNF605
157 FBXO3
158 PDGFRA
159 ARFGAP3
160 KRTAP1-5
F-box protein 3
platelet derived growth factor receptor alpha
ADP ribosylation factor GTPase activating protein 3
keratin associated protein 1-5
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
19
STT
Gene name
Gene names
161 SYT1
synaptotagmin 1
162 SIPA1L1
163 MPPE1
164 CIAO2A
165 ZNF398
166 TLN2
signal induced proliferation associated 1 like 1
metallophosphoesterase 1
cytosolic iron-sulfur assembly component 2A
zinc finger protein 398
talin 2
167 ZNF195
168 TRIM66
169 SAMD8
170 USP3
zinc finger protein 195
tripartite motif containing 66
sterile alpha motif domain containing 8
ubiquitin specific peptidase 3
171 BTG2
BTG anti-proliferation factor 2
zinc finger protein 512B
172 ZNF512B
173 CALHM5
174 DTWD2
175 WDR47
176 ATP5MC2
177 RNF26
178 ZNF138
179 ITPRID2
180 USP47
181 TBC1D20
182 ZNF486
183 ZNF532
184 CMTM6
185 SRGAP2B
186 TMX1
calcium homeostasis modulator family member 5
DTW domain containing 2
WD repeat domain 47
ATP synthase membrane subunit c locus 2
ring finger protein 26
zinc finger protein 138
ITPR interacting domain containing 2
ubiquitin specific peptidase 47
TBC1 domain family member 20
zinc finger protein 486
zinc finger protein 532
CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 6
SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2B
thioredoxin related transmembrane protein 1
tRNA methyltransferase 1 like
nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1
armadillo repeat containing 8
187 TRMT1L
188 NUCKS1
189 ARMC8
190 CEMIP
191 ZNF841
192 BCAP29
cell migration inducing hyaluronidase 1
zinc finger protein 841
B cell receptor associated protein 29
20
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
STT
Gene name
Gene names
minichromosome maintenance complex binding protein
cAMP responsive element binding protein like 2
hook microtubule tethering protein 3
ER membrane protein complex subunit 1
ADAM metallopeptidase domain 19
protein prenyltransferase alpha subunit repeat containing 1
F-box and leucine rich repeat protein 17
peroxisomal biogenesis factor 19
193 MCMBP
194 CREBL2
195 HOOK3
196 EMC1
197 ADAM19
198 PTAR1
199 FBXL17
200 PEX19
201 RAC1
Rac family small GTPase 1
202 NSL1
NSL1, MIS12 kinetochore complex component
CHM like, Rab escort protein 2
203 CHML
204 PSMD3
205 MRPS14
206 ERLEC1
207 MTAP
208 BMPR1A
209 SNX21
210 RACGAP1
211 PMAIP1
212 TRAK1
213 TMX4
proteasome 26S subunit, non-ATPase 3
mitochondrial ribosomal protein S14
endoplasmic reticulum lectin 1
methylthioadenosine phosphorylase
bone morphogenetic protein receptor type 1A
sorting nexin family member 21
Rac GTPase activating protein 1
phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1
trafficking kinesin protein 1
thioredoxin related transmembrane protein 4
trinucleotide repeat containing 6A
transcription factor Dp-2
214 TNRC6A
215 TFDP2
216 CDC37L1
217 ARFGEF3
218 ALX4
cell division cycle 37 like 1
ARFGEF family member 3
ALX homeobox 4
219 ZNF813
220 BLZF1
221 RAB31
222 INPPL1
223 PRC1
zinc finger protein 813
basic leucine zipper nuclear factor 1
RAB31, member RAS oncogene family
inositol polyphosphate phosphatase like 1
protein regulator of cytokinesis 1
224 RALGPS2
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 2
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
21
STT
Gene name
Gene names
zinc finger AN1-type containing 5
225 ZFAND5
226 PSMF1
227 LEPROT
228 FZD3
proteasome inhibitor subunit 1
leptin receptor overlapping transcript
frizzled class receptor 3
229 ARPIN
230 ZBTB22
231 PQLC3
232 PHTF2
actin related protein 2/3 complex inhibitor
zinc finger and BTB domain containing 22
PQ loop repeat containing 3
putative homeodomain transcription factor 2
233 FAM120AOS family with sequence similarity 120A opposite strand
234 ZFP3
ZFP3 zinc finger protein
235 IFIT3
interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 3
COP9 signalosome subunit 8
236 COPS8
237 SIN3A
238 FNBP4
239 STIL
SIN3 transcription regulator family member A
formin binding protein 4
STIL, centriolar assembly protein
lipin 2
240 LPIN2
241 TRIT1
242 RPA3
tRNA isopentenyltransferase 1
replication protein A3
243 PRKAA2
244 ARMH3
245 TRIM2
246 TBRG1
247 TBC1D2
248 AUTS2
249 TAF9B
250 IQGAP1
251 RFX7
protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2
armadillo-like helical domain containing 3
tripartite motif containing 2
transforming growth factor beta regulator 1
TBC1 domain family member 2
AUTS2, activator of transcription and developmental regulator
TATA-box binding protein associated factor 9b
IQ motif containing GTPase activating protein 1
regulatory factor X7
252 PRAMEF1
253 ZNF626
254 RAB29
255 ZNF449
256 LCOR
PRAME family member 1
zinc finger protein 626
RAB29, member RAS oncogene family
zinc finger protein 449
ligand dependent nuclear receptor corepressor
22
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
STT
Gene name
Gene names
pyridoxamine 5’-phosphate oxidase
257 PNPO
258 PAICS
phosphoribosylaminoimidazole carboxylase and
phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase
259 RPL27A
260 ARL17A
261 HIPK1
262 SPCS1
263 DIS3L
ribosomal protein L27a
ADP ribosylation factor like GTPase 17A
homeodomain interacting protein kinase 1
signal peptidase complex subunit 1
DIS3 like exosome 3’-5’ exoribonuclease
solute carrier family 2 member 3
glutamate ionotropic receptor delta type subunit 1
chromosome 16 open reading frame 72
Rhox homeobox family member 2
zinc finger protein 550
264 SLC2A3
265 GRID1
266 C16orf72
267 RHOXF2
268 ZNF550
269 MYO1B
270 YAP1
myosin IB
Yes associated protein 1
271 CAMTA1
272 PGM2L1
273 RHOXF2B
274 ENDOD1
275 PRMT3
276 TRIM5
277 KIF13B
278 MYBL1
279 FAM98B
280 CUL4B
281 GYG2
calmodulin binding transcription activator 1
phosphoglucomutase 2 like 1
Rhox homeobox family member 2B
endonuclease domain containing 1
protein arginine methyltransferase 3
tripartite motif containing 5
kinesin family member 13B
MYB proto-oncogene like 1
family with sequence similarity 98 member B
cullin 4B
glycogenin 2
282 APOL6
283 RNF4
apolipoprotein L6
ring finger protein 4
284 KIF24
kinesin family member 24
285 DCTN5
286 LPP
dynactin subunit 5
LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma
protein kinase cAMP-dependent type II regulatory subunit alpha
287 PRKAR2A
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
23
STT
Gene name
Gene names
288 TMEM237
289 CNOT6
290 PTGFRN
291 CRK
transmembrane protein 237
CCR4-NOT transcription complex subunit 6
prostaglandin F2 receptor inhibitor
CRK proto-oncogene, adaptor protein
succinate-CoA ligase GDP-forming beta subunit
translocase of inner mitochondrial membrane 17B
adenosine deaminase, RNA specific B1
protein kinase N2
292 SUCLG2
293 TIMM17B
294 ADARB1
295 PKN2
296 SPRTN
297 GOSR1
298 ZNF441
299 TMEM209
300 PPP2R5C
301 DAAM2
302 RUNDC3B
303 MR1
SprT-like N-terminal domain
golgi SNAP receptor complex member 1
zinc finger protein 441
transmembrane protein 209
protein phosphatase 2 regulatory subunit B’gamma
dishevelled associated activator of morphogenesis 2
RUN domain containing 3B
major histocompatibility complex, class I-related
carbohydrate sulfotransferase 15
304 CHST15
305 MLLT1
306 EEPD1
307 JAZF1
MLLT1, super elongation complex subunit
endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing 1
JAZF zinc finger 1
308 ZNRF2
309 TRIM38
zinc and ring finger 2
tripartite motif containing 38
phosphoribosylglycinamide formyltransferase,
phosphoribosylglycinamide synthetase,
phosphoribosylaminoimidazole synthetase
310 GART
311 TMEM216
312 ERICH1
313 PARP9
314 ANKLE2
315 EHMT2
316 SS18
transmembrane protein 216
glutamate rich 1
poly(ADP-ribose) polymerase family member 9
ankyrin repeat and LEM domain containing 2
euchromatic histone lysine methyltransferase 2
SS18, nBAF chromatin remodeling complex subunit
ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1
317 ENTPD1
24
Lê H. A. Thúy, Lê T. T. Linh. HCMCOUJS-Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 5-24
STT
Gene name
Gene names
solute carrier family 4 member 8
318 SLC4A8
319 SH3YL1
320 PSMC6
321 CLN5
SH3 and SYLF domain containing 1
proteasome 26S subunit, ATPase 6
CLN5, intracellular trafficking protein
potassium channel tetramerization domain containing 3
shisa like 1
322 KCTD3
323 SHISAL1
324 DPY19L2
325 SLC9A6
326 CUL5
dpy-19 like 2
solute carrier family 9 member A6
cullin 5
327 TOX
thymocyte selection associated high mobility group box
family with sequence similarity 171 member A1
328 FAM171A1
Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
20 trang
9660
Free
Bạn đang xem tài liệu "Chức năng của miR-146b-5p trong Chondrocyte", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên
File đính kèm:
- chuc_nang_cua_mir_146b_5p_trong_chondrocyte.pdf
