Xác định trình tự gen mã hóa Cytochrome b của hệ gen ty thể và mối quan hệ di truyền của loài cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866) vùng biển Kiên Giang, Việt Nam
Nghiên cứu khoa học công nghệ
XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ GEN MÃ HÓA Cytochrome b
CỦA HỆ GEN TY THỂ VÀ MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA
LOÀI CÁ HEO ÔNG SƯ (Orcaella brevirostris Gray, 1866)
VÙNG BIỂN KIÊN GIANG, VIỆT NAM
CÙ NGUYÊN ĐỊNH (1), NGUYỄN THỊ BÍCH NGA (2), NGUYỄN THỊ NGA (3)
,
TRẦN LINH THƯỚC (4), BÙI LAI (5)
1. ĐẶT VẤN ĐỀ
Cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866) còn có tên là cá heo
Irrawaddy, cá nược Minh Hải là một loài động vật có vú thuộc họ cá heo
Delphinidae. Đánh giá chung tình trạng của loài cá heo này theo Danh lục Đỏ IUCN,
cá heo Ông Sư được xếp vào bậc sẽ nguy cấp (VU - Vulnerable) và loài này được bảo
tồn ở Việt Nam theo Quyết định số 82/2008/QĐ-BNN của Bộ Nông nghiệp và Phát
triển Nông thôn.
Tuy nhiên, ở Việt Nam việc nghiên cứu về động vật biển nói chung trong đó
có loài cá heo Ông Sư vẫn còn rất ít các nghiên cứu. Bên cạnh đó kết quả nghiên cứu
về đặc điểm hình thái chưa đủ để định loại chính xác và đánh giá mối quan hệ di
truyền giữa quần thể cá heo Ông Sư Việt Nam với các quần thể cá heo Ông Sư khác.
Các tư liệu nghiên cứu di truyền loài cá heo này cũng không có nhiều [2]. Vì vậy,
nghiên cứu về đặc điểm hình thái kết hợp với phương pháp giám định phân tử trong
định loại và đánh giá mối quan hệ di truyền giữa quần thể cá heo Ông Sư Việt Nam
với các quần thể cá heo Ông Sư khác là cần thiết và có ý nghĩa khoa học.
Trong nghiên cứu này, nhóm tác giả sử dụng phương pháp sinh học phân tử
giải trình tự gen cytochrome b (cytb) và xác định mối quan hệ phả hệ của loài cá heo
Ông Sư tại vùng biển Kiên Giang, Việt Nam.
2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tượng nghiên cứu
Cá heo Ông Sư được nuôi dưỡng tại Câu lạc bộ cá heo Vinpearl - Nha Trang.
Đây là loài cá heo thu nhận tại vùng biển Kiên Giang - Việt Nam đã được thuần
dưỡng. Ký hiệu 02 mẫu cá heo là OBRE1-VN và OBRE2-VN.
Phương pháp lấy mẫu: Lấy mẫu máu toàn phần của cá cho vào ống có chất
chống đông, bảo quản trong hộp xốp có đá để vận chuyển về tách DNA tổng số.
2.2. Phương pháp tách chiết DNA tổng số
DNA tổng số được tách theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Sử dụng bộ kit
“Qiagen Genomic DNA Extraction Kit” của hãng QIAGEN Inc. (USA-Mỹ) để tách
DNA tổng số.
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
111
Nghiên cứu khoa học công nghệ
2.3. Phương pháp PCR thu nhận vùng gen đích
Gen cytochrome b của hệ gen ty thể cá heo Ông Sư được lựa chọn để thu nhận
gen bằng phương pháp PCR và giải trình tự, sau đó sử dụng chuỗi nucleotide của
gen cytochrome b đã được giải trình tự để phân tích và so sánh với các chuỗi gen đã
công bố trên Ngân hàng gen (Gen Bank).
Mồi thực hiện PCR được thiết kế dựa trên trình tự bảo tồn của gen cytochrome b.
Cặp mồi được sử dụng có trình tự trong bảng 1.
Bảng 1. Trình tự các mồi thu nhận gen cytochrome b
TT
1
Tên mồi (primer)
OBREF
Trình tự mồi thiết kế
5’-CAC ATC CCA TAG CAC CAC CC-3’
5’-AAT GGG GTC CTC CTT TTC GG-3’
2
OBRER
Gen cytochrome b có kích thước khoảng 1.200 nucleotide (base pair - bp).
Thực hiện phản ứng PCR với DNA tổng số thu nhận làm khuôn, sử dụng cặp
mồi OBREF - OBRER để nhân đoạn gen đích bằng bộ kit AccuPower®ProFi Taq
PCR Premix do hãng BIONEER (Hàn Quốc) cung cấp. Thành phần phản ứng PCR
gồm: Khuôn DNA tổng số: 2 μl; Mồi xuôi (10pmol/μl): 2 μl; Mồi ngược
(10pmol/μl): 2 μl; DMSO: 2 μl; Nước tinh khiết: 42 μl. Tổng thể tích là 50 μl. Chu
trình nhiệt thực hiện PCR gồm: 1 chu kỳ 94oC - 5 phút; 35 chu kỳ 94oC - 30 giây;
52oC - 30 giây; 68oC - 7 phút; giai đoạn tổng hợp chuỗi: 72oC - 10 phút; Sản phẩm
được bảo quản ở 4oC cho đến khi sử dụng.
Điện di trên thạch agarose 1% để kiểm tra sản phẩm PCR và tiến hành tinh
sạch sản phẩm PCR để loại bỏ các thành phần phụ không mong muốn chỉ giữ lại
DNA tinh khiết. Tinh sạch sản phẩm bằng bộ QIAquick PCR purification kit
(Qiagen Inc.). Sản phẩm PCR sau khi tinh sạch sẽ được dòng hóa vào vector tách
dòng pCR2.1TOPO (hãng Invitrogen - Mỹ) để thu nhận DNA tái tổ hợp và gửi đọc
trình tự tại công ty Macrogen (Hàn Quốc).
2.4. Phương pháp giải trình tự
Cặp mồi dùng để giải trình tự DNA plasmid tái tổ hợp gồm:
- Mồi xuôi (M13F) : 5’-GTAAAACGACGGCCAG-3’ hoặc
- Mồi ngược (M13R) : 5’-CAGGAAACAGCATTGAC-3’
Chuỗi DNA sản phẩm được xác định trình tự theo chiều 5’→ 3’ và dùng thuốc
nhuộm huỳnh quang (fluorescent dye) để đánh dấu, sử dụng thạch polyacrylamide
và quét tia lazer dọc theo chuỗi để đọc trình tự, phân tích tự động bằng máy với các
chương trình phần mềm tin - sinh học.
112
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
Nghiên cứu khoa học công nghệ
2.5. Phương pháp phân tích và xử lý số liệu
Sau khi giải trình tự các chuỗi nucleotide được thu nhận và xử lý bằng các
phần mềm Chromas LITE v2.01, so sánh đối chiếu và xử lý số liệu các chuỗi từ
nghiên cứu và từ Ngân hàng gen (GenBank) bằng chương trình GENEDOC2.7
(http://www.nrbsc.org/gfx/genedoc/) [3].
Sử dụng chương trình MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) để
xây dựng cây phả hệ. Các phân tích được thực hiện dựa trên tập hợp các trình tự gen
cytochrome b trong hệ gen ty thể (mtDNA) của một số loài cá heo đã công bố trong
Ngân hàng gen (GenBank). Phân tích được tiến hành dựa trên thuật toán Neightbour
joining (NJ) bằng phần mềm MEGA6.06 [4].
3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. Thu nhận gen cytochrome b của các mẫu nghiên cứu
Thực hiện phản ứng PCR thu nhận đoạn DNA với cặp mồi đặc hiệu của gen
cytochrome b có độ dài dự kiến khoảng 1,2 kb (hình 1).
Hình 1. Hình ảnh điện di kiểm tra sản phẩm PCR gen cytochrome b của hai mẫu cá
heo Ông Sư (ký hiệu OBRE1-VN và OBRE2-VN) trên thạch agarose 1%.
Ghi chú: M: Marker Lamda cắt bằng enzyme HindIII; Đ/C(-): mẫu đối chứng âm.
Kết quả ở hình 1 cho thấy hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN trong nghiên
cứu đã được tách DNA tổng số, phản ứng PCR thu nhận gen cytochrome b đã được
thực hiện thành công, sản phẩm PCR có độ dài khoảng 1,2 kb đúng với dự kiến. Sản
phẩm đơn băng, rõ nét với thành phần phản ứng và chu trình nhiệt phù hợp. Các sản
phẩm này được tinh sạch bằng bộ QIAquick purification (Mỹ).
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
113
Nghiên cứu khoa học công nghệ
3.2. Kết quả dòng hóa và giải trình tự
Sản phẩm PCR của gen cytochrome b được dòng hóa (cloning) vào vector
pCR2.1TOPO của hãng Invitrogen, sau đó được chuyển nạp vào tế bào khả biến E.
coli chủng DH5α-T1. Sản phẩm sau chuyển nạp được nuôi cấy trên đĩa thạch LB-
agar 1,5% có bổ sung X-gal (40 mg/ml) và Kanamycin (40 mg/ml), ủ ở 37oC trong
18 đến 20 giờ (hình 2). Chọn lọc các khuẩn lạc trắng (đây là những khuẩn lạc có thể
mang gen cytochrome b được tái tổ hợp) nuôi cấy vào môi trường LB khoảng 20 giờ
và tiến hành tách chiết DNA plasmid, cắt kiểm tra sản phẩm DNA tái tổ hợp bằng
enzym giới hạn EcoRI và điện di kiểm tra trên thạch agarose 1%.
Hình 2. Hình ảnh chuyển nạp sản phẩm PCR của mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN
vào tế bào E. coli chủng DH5α-T1.
Ghi chú: trên đĩa petri các khuẩn lạc dương tính có khả năng chứa đoạn chèn
(insert) sản phẩm PCR của gen cytochrome b có màu trắng. Những khuẩn lạc không
mang sản phẩm có màu xanh.
Sản phẩm DNA plasmid tái tổ hợp sau khi tách dòng, được chọn các clone đại
diện làm nguyên liệu giải trình tự. Các DNA tái tổ hợp được gửi đọc trình tự tại
công ty Macrogen - Seoul, Hàn Quốc.
3.3. Kết quả giải trình tự và xây dựng cây phả hệ nguồn gốc
Sau khi giải trình tự nucleotide, thu nhận chuỗi gen cytochrome b, tiến hành
BLAST vào Ngân hàng gen để thu thập các chuỗi thuộc họ cá heo đã công bố so
sánh với chuỗi gen của OBRE1-VN và OBRE2-VN trong nghiên cứu.
Kết quả thu nhận chuỗi gen cytochrome b của hai mẫu nghiên cứu OBRE1-
VN và OBRE2-VN sau khi giải trình tự có kích thước là 1.140 nucleotide. Gen
cytochrome b mã hóa cho protein cytochrome b gồm 379 amino acid, khởi đầu là
ATG mã hóa cho Methionin và kết thúc bằng bộ ba TGA (hình 3).
114
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
Nghiên cứu khoa học công nghệ
*
20
*
40
*
60
*
80
OBRE1-VN-c : MTNIRKTHPLMKILNDAFIDLPTPSNISSWWNFGSLLGLCLITQILTGLFLAMHYTPDTSTAFSSVAHICRDVNYGWFIRYLHA : 84
OBRE2-VN-c : .................................................................................... : 84
OBRE-KG-VN : .................................................................................... : 84
OBRE-Laos- : .................................................................................... : 84
OBRE-SWFSC : .................................................................................... : 84
Ohei02-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84
Ohei06-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84
Ohei08-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84
Ohei22-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84
Ohei28-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84
Oorc-72-US : ...............N.................................L.................................. : 84
Oorc-96-US : ...............N.................................L.................................. : 84
Oorc-97-US : ...............N.................................L.................................. : 84
Oorc-111-U : ...............N.................................L.................................. : 84
Oorc-129-U : ...............N.................................L.................................. : 84
Oorc-ENAC2 : ...............N.................................L.................................. : 84
Satt-z0000 : ..........................................M......................................... : 84
Satt-z0002 : ..........................................M......................................... : 84
Satt-z0002 : ..........................................M......................................... : 84
Satt-z0002 : ...............-..........................M......................................... : 83
Satt-z0011 : ..........................................M......................................... : 84
Satt-z0011 : ..........................................M......................................... : 84
Satt-z0012 : ..........................................M......................................... : 84
Satt-z0016 : ...............-..........................M..-...................................... : 82
Satt-z0024 : ..........................................M......................................... : 84
Satt-z0038 : ..........................................M......................................... : 84
*
100
*
120
*
140
*
160
OBRE1-VN-c : NGASMFFICLYAHIGRGLYYGSYMFQETWNIGVLLLLTVMATAFVGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTTLVEWIWGGF : 168
OBRE2-VN-c : .................................................................................... : 168
OBRE-KG-VN : .................................................................................... : 168
OBRE-Laos- : .................................................................................... : 168
OBRE-SWFSC : .................................................................................... : 168
Ohei02-DK- : .................................................................................... : 168
Ohei06-DK- : .................................................................................... : 168
Ohei08-DK- : .................................................................................... : 168
Ohei22-DK- : .................................................................................... : 168
Ohei28-DK- : .................................................................................... : 168
Oorc-72-US : ..............................V......A.............................................. : 168
Oorc-96-US : ..............................V......A.............................................. : 168
Oorc-97-US : ..............................V......A.............................................. : 168
Oorc-111-U : ..............................V......A.............................................. : 168
Oorc-129-U : ..............................V......A.............................................. : 168
Oorc-ENAC2 : ..............................V......A.............................................. : 168
Satt-z0000 : .................................................................................... : 168
Satt-z0002 : .................................................................................... : 168
Satt-z0002 : .................................................................................... : 168
Satt-z0002 : .................................................................................... : 167
Satt-z0011 : .................................................................................... : 168
Satt-z0011 : .................................................................................... : 168
Satt-z0012 : ..T................................................................................. : 168
Satt-z0016 : ...........................................................................-........ : 165
Satt-z0024 : .................................................................................... : 168
Satt-z0038 : .................................................................................... : 168
*
180
*
200
*
220
*
240
*
OBRE1-VN-c : SVDKATLTRFFAFYFILPFIITALVIVHLLFLHETGSNNPTGIPSNMDMIPFHPYHTFKDILGALLLILVLLTLTLFTPDLLGD : 252
OBRE2-VN-c : .............H...................................................................... : 252
OBRE-KG-VN : .............H...................................................................... : 252
OBRE-Laos- : .............H...................................................................... : 252
OBRE-SWFSC : .............H...................................................................... : 252
Ohei02-DK- : .............H...........T.......................................................... : 252
Ohei06-DK- : .............H...........T.......................................................... : 252
Ohei08-DK- : .............H...........T..............................................M........... : 252
Ohei22-DK- : .............H...........T..............................................M........... : 252
Ohei28-DK- : .............H...........T..............................................M........... : 252
Oorc-72-US : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252
Oorc-96-US : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252
Oorc-97-US : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252
Oorc-111-U : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252
Oorc-129-U : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252
Oorc-ENAC2 : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252
Satt-z0000 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
Satt-z0002 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
Satt-z0002 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
Satt-z0002 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 251
Satt-z0011 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
Satt-z0011 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
Satt-z0012 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
Satt-z0016 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 249
Satt-z0024 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
Satt-z0038 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252
260
*
280
*
300
*
320
*
OBRE1-VN-c : PDNYTPANPLSTPAHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALLLSILILIFIPMLQTSKQRSMMFRPFSQLLFWTLIADLLTLT : 336
OBRE2-VN-c : .................................................................................... : 336
OBRE-KG-VN : .................................................................................... : 336
OBRE-Laos- : .................................................................................... : 336
OBRE-SWFSC : .................................................................................... : 336
Ohei02-DK- : .................................................................................... : 336
Ohei06-DK- : .................................................................................... : 336
Ohei08-DK- : .................................................................................... : 336
Ohei22-DK- : .................................................................................... : 336
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
115
Nghiên cứu khoa học công nghệ
Ohei28-DK- : .................................................................................... : 336
Oorc-72-US : ...............................V.................................................... : 336
Oorc-96-US : ...............................V.................................................... : 336
Oorc-97-US : ...............................V.................................................... : 336
Oorc-111-U : ...............................V.................................................... : 336
Oorc-129-U : ...............................V.................................................... : 336
Oorc-ENAC2 : ...............................V.................................................... : 336
Satt-z0000 : ...............................................V.................................... : 336
Satt-z0002 : ...............................................V.................................... : 336
Satt-z0002 : ...............................................V.................................... : 336
Satt-z0002 : ...............................................V.................................... : 335
Satt-z0011 : ...............................................V.................................... : 336
Satt-z0011 : ...............................................V.................................... : 336
Satt-z0012 : ...............................................V.................................... : 336
Satt-z0016 : ...............................................V.................................... : 333
Satt-z0024 : ...............................................V.................................... : 336
Satt-z0038 : ...............................................V.................................... : 336
340
*
360
*
380
OBRE1-VN-c : WIGGQPVEHPYIIVGQLASILYFLLILVLMPTVSLIENKLLKW- : 379
OBRE2-VN-c : ...........................................- : 379
OBRE-KG-VN : ...........................................- : 379
OBRE-Laos- : ...S.......................................- : 379
OBRE-SWFSC : ...........................................- : 379
Ohei02-DK- : ...........................................- : 379
Ohei06-DK- : ...........................................- : 379
Ohei08-DK- : ...........................................- : 379
Ohei22-DK- : ...........................................- : 379
Ohei28-DK- : ...........................................- : 379
Oorc-72-US : ................................I..........- : 379
Oorc-96-US : ................................I..........- : 379
Oorc-97-US : ................................I..........- : 379
Oorc-111-U : ................................I..........- : 379
Oorc-129-U : ................................I..........- : 379
Oorc-ENAC2 : ................................I..........- : 379
Satt-z0000 : ................................AG.........- : 379
Satt-z0002 : ................................AG.........- : 379
Satt-z0002 : ................................AG.........- : 379
Satt-z0002 : ................................AG.........- : 378
Satt-z0011 : ................................AG.........- : 379
Satt-z0011 : ................................AG.........- : 379
Satt-z0012 : ................................AG.........- : 379
Satt-z0016 : ................................AG.....-...- : 375
Satt-z0024 : ................................AG.........- : 379
Satt-z0038 : ................................AG.........- : 379
Hình 3. Trình tự amino acid suy diễn gen cytochrome b của OBRE1-VN và
OBRE2-VN so sánh với các chuỗi đăng ký trong Ngân hàng gen.
Ký hiệu (.) là biểu thị các trình tự amino acid giống nhau. Các sai khác được
thể hiện bằng các chữ cái.
Kết quả ở hình 3 cho thấy chuỗi gen amino acid cytochrome b trong 2 mẫu
OBRE1-VN và OBRE2-VN có sự tương đồng rất cao (99%) so với các chuỗi gen
cytochrome b đã công bố trong Ngân hàng gen là OBRE-KG-VN (số đăng ký:
JQ814471), mẫu của Indonesia OBRE-SWFSC-74697-ID (số đăng ký: JF289177)
và mẫu của Lào là OBRE-Laos (số đăng ký: AF084062). Đặc biệt trong hai mẫu
OBRE1-VN và OBRE2-VN phát hiện có sự sai khác tại vị trí amino acid Y182H
(Y = Tyrosine; H = Histidine). Trong đó, Tyrorine là một acid amin không cần thiết
có thể tổng hợp được trong cơ thể mà khi thiếu chúng thì cơ thể có thể bù trừ sự thiếu
hụt đó nhờ các quá trình tổng hợp bên trong. Còn Histidine là một acid amin cần thiết
không thể thay thế được vì chúng không thể tự tổng hợp trong cơ thể hoặc tổng hợp
với tốc độ không thể đáp ứng được nhu cầu của cơ thể mà chúng phải được đưa vào
đầy đủ trong đạm thức ăn. Về vấn đề này rất lý thú cần có thêm những nghiên cứu
sâu hơn về bản chất của các amino acid và vai trò dinh dưỡng của chúng và với số
lượng cỡ mẫu trong nghiên cứu cũng nhiều hơn. Trong nghiên cứu này, nhóm tác giả
còn thu thập thêm một số chuỗi của loài Orcaella heinsohni (Ohei), Orcinus orca
(Oorc) và Stenella attenuata (Satt) đăng ký trong GenBank thuộc họ cá heo để tham
khảo trong so sánh và phân tích trình tự nucleotide và amino acid suy diễn.
Kết quả xây dựng cây phả hệ dựa trên trình tự nucleotide chuỗi cytochrome b
116
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
Nghiên cứu khoa học công nghệ
của 26 mẫu (bao gồm cả hai mẫu trong nghiên cứu) được trình bày ở hình 4. Kết quả
cây phả hệ cho thấy hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN nằm trong cùng nhóm cá
heo Ông Sư của Việt Nam (OBRE-KG-VN), Indonesia (OBRE-SWFSC-74697-ID)
và Lào (OBRE-Laos). Như vậy, hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN đã được xác
định chính xác thuộc loài cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866).
OBRE1-VN-cytB(1140bp)
92
OBRE-KG-VN-JQ814471
OBRE2-VN-cytB(1140bp)
OBRE-SWFSC-74697-ID-JF289177
OBRE-Laos-AF084062
100
75
Ohei02-JF339980
Ohei06-JF339981
100
Ohei08-JF339978
Ohei22-JF339979
89
Ohei28-JF339977
Oorc-96-KR180365
Oorc-97-KR180366
Oorc-72-KR180342
100 Oorc-111-KR180312
Oorc-129-KR180326
Oorc-ENAC2-Spain-HQ405752
Satt-z0011921-KX857288
Satt-z0012046-KX857298
100
Satt-z0016255-KX857317
Satt-z0024848-KX857334
100
Satt-z0000973-KX857266
Satt-z0038287-KX857341
Satt-z0002879-KX857280
Satt-z0002173-KX857273
Satt-z0002203-KX857279
Satt-z0011361-KX857281
76
0.005
Hình 4. Cây phả hệ của OBRE1-VN và OBRE2-VN và các loài trong họ cá heo đã
được đăng ký trong Ngân hàng gen dựa trên phân tích chuỗi nucleotide gen
cytochrome b. Ký hiệu (♦) là các mẫu trong nghiên cứu này.
4. KẾT LUẬN
1. Sử dụng phương pháp sinh học phân tử so sánh, phân tích chuỗi nucleotide
và amino acid suy diễn của gen cytochrome b.
2. Xây dựng cây phả hệ cho thấy hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN đã được xác
định thuộc về loài cá heo Ông Sư có tên khoa học là Orcaella brevirostris Gray, 1866.
3. Các mẫu trong nghiên cứu có mối quan hệ phả hệ nguồn gốc gần với một số
mẫu đã công bố trong Ngân hàng gen của Việt Nam, Indonesia và Lào.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1. Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Danh mục các loài thuỷ sinh quý
hiếm có nguy cơ tuyệt chủng ở Việt Nam cần được bảo vệ, phục hồi và phát
triển, Quyết định số 82/2008/QĐ-BNN, 2008.
2. LeDuc R.G., Perrin W.F., Dizon A.E., Phylogenetic relationships among the
Delphinid cetaceans based on full cytochrome b sequences. Mar Mamm Sci
1999, 15:619-648.
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
117
Nghiên cứu khoa học công nghệ
3. Nicholas K.B., Nicholas H.B., GeneDoc: a tool for editing and annotating
multiple sequence aglignments, Distributed by authors, 1997.
4. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S., MEGA6: Molecular
Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0, Mol Biol Evol, 2013, 30:2725-2729.
5. The IUCN Red List of Threatened Species. Version 2016.3.
SUMMARY
DETERMINING THE MITOCHONDRIAL Cytochrome b GENE SEQUENCE
AND THE HEREDITARY RELATIONSHIP OF IRRAWADDY DOLPHINS
(Orcaella brevirostris Gray, 1866) IN KIEN GIANG WATERS, VIETNAM
In this study, two samples of Irrawaddy dolphins (Orcaella brevirostris Gray,
1866) in Kien Giang waters, Vietnam were collected. The phylogenetic tree showed
that Irrawaddy dolphins in Vietnam had a close genetic relationship to Irrawaddy
dolphins in Indonesia and Laos which have been registered in the Gene Bank.
This is the latest research in Vietnam about determining the mitochondrial
cytochrome b gene sequence and the hereditary relationship of Irrawaddy dolphin
(Orcaella brevirostris Gray, 1866) in Kien Giang waters. This results contributed to the
conservative research and development of this valuable and rare marine mammal species.
Từ khóa: Cá heo Ông Sư, phả hệ, phát sinh loài, ty thể, Orcaella brevirostris,
cytochrome b, Irrawaddy dolphin, family tree, phylogenetic, mitochondria.
Nhận bài ngày 24 tháng 8 năm 2017
Hoàn thiện ngày 12 tháng 10 năm 2017
(1) Chi nhánh Phía Nam, Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga
(2) Viện Công nghệ Sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam
(3) Đại học Quốc tế Hồng Bàng
(4) Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQG.HCM
(5) Viện Sinh học Nhiệt đới, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam
118
Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
8 trang
16720
Free
Bạn đang xem tài liệu "Xác định trình tự gen mã hóa Cytochrome b của hệ gen ty thể và mối quan hệ di truyền của loài cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866) vùng biển Kiên Giang, Việt Nam", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên
File đính kèm:
- xac_dinh_trinh_tu_gen_ma_hoa_cytochrome_b_cua_he_gen_ty_the.pdf
